Solitamente, gli help desk sono simili ai call center: sono un riferimento per i clienti che richiedono assistenza o che cercano aiuto per risolvere un problema. I call center però sono diversi dall'help desk per alcuni motivi. Innanzitutto, di solito sono meno tecnici e si occupano di domande di tipo generale sul servizio clienti, come domande sui prodotti, sulla gestione dei resi e facilitazione delle vendite. In secondo luogo, la connessione dei clienti con gli agenti dei call center, si limita all'assistenza telefonica.
Gli help desk, invece, forniscono un supporto più tecnico o informatico e forniscono assistenza in attività quali la reimpostazione delle password, l'ordine o la configurazione di nuovo hardware per computer, la risoluzione dei problemi tecnologici o la risposta a gravi problemi di rete. I clienti, a seconda della piattaforma di comunicazione e del software di help desk che usa l'azienda, possono richiedere assistenza attraverso molteplici canali (telefono, chat web, SMS o e-mail) e non sono limitati unicamente alla voce come nei call center.
Sia gli help desk sia i call center apportano un enorme valore alle organizzazioni. Possono essere infatti il primo punto di contatto tra un'azienda e i suoi clienti rendendo positiva, o meno, l'esperienza del cliente.